ลินโคมัยซินไฮโดรคลอไรด์ใช้สำหรับรักษาโรคที่เกิดจากเชื้อแบคทีเรียแกรมบวกที่ไวต่อยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งใช้ในการรักษาโรคติดเชื้อที่ดื้อต่อเพนิซิลลินแต่ไวต่อยานี้ เช่น โรคบิดในสุกร โรคปอดบวมเฉพาะถิ่น โรคข้ออักเสบ โรคผิวหนังอักเสบในสุกร โรคท้องร่วงแดง ท้องร่วงเหลือง และท้องร่วงขาวในลูกสุกร นอกจากนี้ยังมีฤทธิ์ลดไข้ในสุกรด้วย
ลินโคไมซินเป็นยาปฏิชีวนะในกลุ่มลินโคซาไมด์ที่มีฤทธิ์ยับยั้งการเจริญเติบโตของแบคทีเรียในวงแคบ ใช้ในการรักษาการติดเชื้อที่เกิดจากแบคทีเรียไม่ใช้ออกซิเจนและแบคทีเรียแกรมบวกที่ไวต่อยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งเชื้อสแตฟิโลค็อกคัสและสเตรปโตค็อกคัส ลินโคไมซินถูกนำมาใช้ในการรักษาโรคกระดูกอักเสบเนื่องจากสามารถซึมผ่านเนื้อเยื่อกระดูกได้ดีเยี่ยม