ซิโปรฟลอกซาซินเป็นยาในกลุ่มควินโนโลน มีฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรียหลายชนิด ได้แก่ Enterobacter, Pseudomonas aeruginosa, Haemophilus influenzae, Neisseria gonorrhoeae, Streptococcus, Legionella และ Staphylococcus aureus ซิโปรฟลอกซาซินมีฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรียในวงกว้างและมีฤทธิ์ฆ่าเชื้อแบคทีเรียที่ดี โดยมีฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรียเกือบทุกชนิดแรงกว่านอร์ฟลอกซาซินและอีนอกซาซิน 2-4 เท่า